A Prefeitura do Campus USP Capital-Butantã (PUSP-CB) é responsável por planejar e gerir os espaços comuns e da infraestrutura do Campus. Para isso, são abertos editais referentes a estágios, concursos públicos, licitações, etc., voltados sempre a assuntos relacionados à melhora no atendimento às atividades da PUSP-CB.