O Conselho Gestor do Campus Capital-Butantã tem a sua composição e atribuições definidas pelo Regimento Geral da USP,  Resolução 5039, de 02 de junho de 2003 e Resolução 5493 de 18 de dezembro de 2008. Delibera sobre as atividades da Prefeitura, cujo nome fica definido pela Resolução Nº 8593 de 26 de maio de 2024, sobre o uso das áreas comuns e das áreas não edificadas; aprova regras e procedimentos para disciplinar a mobilidade, o trânsito interno, bem como a realização de eventos oficiais e festas promovidas nos espaços próprios das unidades e órgãos; propõe normas de segurança para o Campus Capital-Butantã; assim como delibera sobre outros casos no âmbito de sua competência.