O Conselho Gestor do Campus Capital-Butantã delibera sobre as atividades da Prefeitura, sobre o uso das áreas comuns e das áreas não edificadas; aprova regras e procedimentos para disciplinar a mobilidade, o trânsito interno, bem como a realização de eventos oficiais e festas promovidos nos espaços próprios das Unidades e órgãos; propõe normas de segurança para o campus Capital-Butantã; assim como delibera sobre outros casos no âmbito de sua competência.